Toxické látky rozpuštěné ve vodě nebo vázané v sedimentech působí negativně i na půdní organismy (edafon) a mohou citelně modifikovat jejich přežívání v zaplavené půdě. Škodlivé látky se do půdy dostávají krátkodobě při záplavách, ale i dlouhodobě pomocí tzv. kyselých dešťů. Na edafon působí už změny pH půdní vody, naruší se rovnováha a zastoupení jednotlivých druhů, jejich potravní řetězce, rozklad organické hmoty a humusotvorné funkce.

Toxic substances in waters or in sediments also affect soil organisms (edaphon) and can substantially modify their survival in the flooded soil. Harmful agents penetrate into the soil for a short time during floods, and for a long time in the case of acid rain. Even changes in soil water pH values influence soil biota. Both the equilibrium and species composition in soil assemblages, food webs, organic matter decomposition and soil-forming processes are disturbed by these processes.