Jednotlivé druhy lučních bylin často vytvářejí populace adaptované na regionální podmínky. Tyto populace jsou však ohroženy přísunem cizího materiálu z osevních směsí užívaných při obohacení porostů nebo rekultivaci. Pro zdokonalení směsí je potřeba znát vnitrodruhovou variabilitu a směsi pak skládat z domácích typů. Poznání genetické struktury populací je cílem prezentovaných projektů.
K dalšímu čtení v Živě
Modrásek pumpavový, záhadný obyvatel podhorských trávníků (2021, 1)
Běžný polní plevel oknem do evoluce polyploidů: příběh heřmánkovce nevonného (2021, 3)
Seznam použité a doporučené literatury a tabulku s bližšími informacemi ke genetické analýze najdete ke stažení v PDF formátu níže pod obrazovou galerií.
Locally adapted populations occur in many grassland species. However, such populations are endangered by the introduction of plants from seed mixtures used for community enrichment or recultivations. To improve mixtures, it is necessary to know the intraspecific variability and to include domestic types. Description of the genetic structure of populations is the aim of the presented projects.
-
Příklad zachovalé druhově bohaté louky v okolí Malé Skály v Českém ráji. Foto T. Chýlová
-
Ovsík vyvýšený (Arrhenatherum elatius) jako příklad druhu s malou genetickou diferenciací. Foto: Databáze Wendys
-
Ovsík vyvýšený (Arrhenatherum elatius) jako příklad druhu s malou genetickou diferenciací – výsledek vyhodnocení testů DNA pomocí ordinanční analýzy hlavních komponent (PCA): barvy odpovídají 22 geografickým regionům Německa. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Ovsík vyvýšený (Arrhenatherum elatius) jako příklad druhu s malou genetickou diferenciací – mapa rozložení dvou výsledných typů. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Ovsík vyvýšený (Arrhenatherum elatius) jako příklad druhu s malou genetickou diferenciací – vztah genetické a geografické vzdálenosti jednotlivých populací, ukazující jejich faktickou genetickou podobnost. Na ose x je vynesena geografická vzdálenost, na ose y genetická vzdálenost. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Řepík lékařský (Agrimonia eupatoria) jako příklad druhu s vysokou genetickou diferenciací. Foto A. Lepší
-
Řepík lékařský (Agrimonia eupatoria) jako příklad druhu s vysokou genetickou diferenciací – výsledek ordinanční analýzy PCA: barvy a čísla odpovídají geografickým regionům Německa. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Řepík lékařský (Agrimonia eupatoria) jako příklad druhu s vysokou genetickou diferenciací – mapa rozložení 6 výsledných typů. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Řepík lékařský (Agrimonia eupatoria) jako příklad druhu s vysokou genetickou diferenciací – vztah genetické a geografické vzdálenosti jednotlivých populací. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Druh vykazující jasný geografický trend. Kohoutek luční (Lychnis floscuculi) s východozápadním gradientem. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Druh vykazující jasný geografický trend. Bedrník obecný (Pimpinella saxifraga) se severojižním gradientem. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Druh vykazující jasný geografický trend. Svízel bílý (Galium album) s kombinací obou typů gradientů. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Odborný návrh rozdělení Německa na 19 regionů (rozlišených barevně) jako kompromis mezi algoritmickým řešením a minimalizací změny hranic (silné linie – hranice současných 22 regionů). Více v textu. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Určení počtu regionů původu osiva v Německu na základě množství vysvětlené variability všech druhů (osa y) při rostoucím počtu regionů (osa x). Vodorovná červená linka značí variabilitu vysvětlenou původními 22 arbitrárně stanovenými regiony danými stávajícím zákonem. Svislá červená linka ukazuje na počet nově navržených regionů, který vysvětluje stejné množství variability jako těch 22 arbitrárně daných. Spodní řada map ukazuje rozdělení území Německa do příslušného počtu regionů. Při vytváření syntetické mapy a testu její spolehlivosti se sloučí výsledky analýz pro všech 33 druhů a 72 podoblastí. Pomocí opakované klastrové analýzy jsou vytvořeny mapy s nově definovaným počtem regionů (2–25). Porovná se genetická variabilita vysvětlená různým počtem takto vytvořených regionů s variabilitou vysvětlenou původními 22 arbitrárně stanovenými oblastmi. Orig. W. Durka, S. Michalski a J. Höfner
-
Typická květnatá louka ve středních Čechách s kopretinou bílou (Leucanthemum vulgare agg.), chrastavcem rolním (Knautia arvensis) a dalšími druhy bylin. Foto T. Herben
-
Ukázka variability genomu (nukleotidy: C – cytozin, G – guanin, T – thymin, A – adenin). Variabilní místa vyznačena barevně. Při genetické analýze RADseq byla extrahována DNA z listů rostlinných vzorků a sekvenovány pouze malé části genomu. Genom je s pomocí enzymů „nastříhán“ na úseky určité délky, které jsou pak multiplikovány metodou PCR a sekvenovány NGS (Next Generation Sequencing). Pomocí bioinformatických algoritmů byly seřazeny homologní sekvence, identifikována místa s výskytem variability na úrovni jednotlivých bází – SNPs (Single Nucleotid Polymorphisms) a určen genotyp jednotlivých vzorků v tisících lokusů SNP.
