Moderní metody sekvenování DNA
- Autor: Martin Kolísko
- Vyšlo v časopise Živa 3/2017 na straně 73
Citovaná a použitá literatura:
HEATHER, James M.; CHAIN, Benjamin. The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA. Genomics, 2016, 107.1: 1-8.
GOODWIN, Sara; MCPHERSON, John D.; MCCOMBIE, W. Richard. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics, 2016, 17.6: 333-351.
Webové adresy názorných animací detailně zobrazující sekvenční metody druhé generace jsou uvedeny níže pod obrazovou galerií.
Obrazové přílohy
-
Graf ukazující rozdíly v délce jednotlivých sekvencí a počtu sekvenovaných bází pro metody sekvenování druhé a třetí generace. Pro dnes nejpoužívanější metody Illumina a Ion Torrent (blíže v textu) ukazuje graf několik různých verzí daných technologií. Je důležité zmínit, že jak Illumina MiSeq, tak Ion Torrent PGM zastupují tzv. stolní sekvenátory, neboť jsou poměrně levné (stojí řádově několik milionů Kč) a lze je používat i v rámci jediné laboratoře. Ostatní sekvenační přístroje se používají především v rámci větších sekvenačních center. Orig. M. Kolísko, upraveno podle https://flxlexblog.wordpress.com/2014/06/11/developments-in-next-generation-sequencing-june-2014-edition/
-
Sbírání jednotlivých buněk. Izolace jediné buňky druhu Pseudotrichonympha sp., což je doposud nekultivovatelný prvok žijící v trávicím traktu termitů – sběr jednotlivých buněk tedy představuje jedinou možnost, jak získat sekvenční data z tohoto organismu. Buňka je „nasáta“ do skleněné mikropipety a přenesena např. do mikrozkumavky. Foto P. J. Keeling
-
Ilustrace signálu při 454 sekvenování. V„rozsvícených“ komůrkách došlo k přidání určité nukleotidové báze (při sekvenaci 454 se vždy přidává pouze jeden typ báze). Síla signálu určí, kolik bází bylo přidáno najednou. Nepřipojené nukleotidy se posléze odstraní a sekvenační proces pokračuje přidáním jiného nukleotidu. Orig. M. Kolísko
Odkazy
Webové adresy názorných animací detailně zobrazující sekvenční metody druhé generace:
Illumina
https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5HRaZ8
454
https://www.youtube.com/watch?v=rsJoG-AulNE
IonTorrent
https://www.youtube.com/watch?v=WYBzbxIfuKs
Pacific Bioscience
https://www.youtube.com/watch?v=v8p4ph2MAvI
Nanopore
https://www.youtube.com/watch?v=CE4dW64x3Ts
Archiv článků pro pedagogy a studenty
Předplatné Živy
Cena ročního předplatného
od čísla 1/2019 je 354 Kč za šest čísel Živy (tedy 59 Kč za jedno číslo).
Dvouleté předplatné je zrušeno.
Zjistěte, jak si předplatit časopis Živa.
Co je to Živa?
Časopis Živa je populárně vědecký časopis přinášející příspěvky z biologických oborů a zvláštní rubriku věnovanou výuce biologie se zaměřením na nejnovější poznatky.
Navazuje na odkaz svého zakladatele Jana Evangelisty Purkyně. Poslední řada vychází nepřetržitě od roku 1953.
© 2024 Časopis ŽIVA – Rozhled v oboru veškeré přírody.
Založil roku 1853 J. E. Purkyně.
Vydává Nakladatelství Academia,
Středisko společných činností AV ČR, v. v. i., za podpory Akademie věd ČR.